京都。二条皇城。
长州藩藩兵在全占京都城之后，便立即召集一干人员，在二条皇城中拥立他们解救出来的皇太子睦仁亲王登基。次日便举办了践祚典礼，正式继承天皇大统。
登基的当天，新任的七岁的天皇，在原孝明天皇的侍卫官岩仓具视的陪同下，对朝堂下的京都官员颁发了《新皇敕谕》：废除摄政、关白、幕府；设总裁、议定和参与三职；进而发布《王政复古大号令》作为施政方针，并把一切恢复到神武创业之初作为新政的理想。
通过《王政复古大号令》，由新天皇正式谕令：废除幕府，并命令征夷大将军德川家茂辞官、纳地，交出所有的封地和兵权，自行赶赴京都二条城来朝贺新天皇。
并且，新天皇昭告全国，学习西方组建新式政府，命炽仁亲王为太政大臣兼总裁，长州藩藩主毛利敬亲、四国藩藩主山内丰信均为副总裁，宫廷侍卫官岩仓具视为议定，桂小五郎为总裁局顾问兼参与官，高杉晋作为总裁局顾问兼副参与官，构成朝政主要官员。而明眼人一眼能看出，岩仓具视、桂小五郎和高杉晋作这仨人组成为了朝廷的核心。
远在江户的幕府将军德川家茂才14岁，当时便吓得惊慌失措，好在有将军府的主要掌权者大老井伊直弼的策划，幕府迅速调集四周的军队，派出京都附近的会津、桑名两藩藩兵一共14000余人，再加上幕府大老井伊直弼的家臣小粟忠顺率领的23000幕府亲兵，合计37000幕府军，由幕府家臣小粟忠顺作为主将，在大阪会合后，沿淀川北上，兵分两路向京都进发。
一路以幕府亲兵为先锋向京都西南方的鸟羽推进，另一路以会津藩兵、桑名藩兵为先锋向京都东南方的伏见进军。
得知幕府军队出征，新政府的倒幕军队立即召集4万军队，也分为两路上前迎击。由桂小五郎和高杉晋作率领15000名长州藩兵防守鸟羽，而由山内丰信率领16000名四国和其他倒幕藩兵防守伏见，剩下的6000名反幕联军作为预备队守卫设在二条城和东寺两处，由毛利敬亲和岩仓具视两人分别指挥。
到黄昏时分，战事首先在鸟羽打响。
不得不说，长州藩兵使用的虽然是旧式火绳枪为主、夹杂从荷兰商人那买来的部分燧发滑膛枪，还有不少以前从荷兰人那里采购的大炮。关键是训练有素，他们早在十余年前便围绕开港问题的中央政局和海防需要出发，采取富国强兵和重商主义的政策，财力和军事都颇为强大。与此对比的是自以为装备精良的幕府亲兵，还是制式的武士刀和弓箭、长矛等冷兵器为主，夹杂一些土铳和部分从中华帝国那边买来的鸟枪之类的火器，当然，这还是有财力的幕府亲兵了。像会津藩兵和桑名藩兵，甚至连鸟枪等火器都没有，只有一些武士刀等冷兵器，甚至一些藩兵连竹刺、木棒之类的也一路席卷过来了。而且，因为来得匆忙，只带了几十门小型火炮，武器明显相差较大。
于是胜负可以想象了。
幕府亲兵数千人的先锋队，在新选组的带领下，率先冲向鸟羽的一个由桂小五郎领着的长州藩兵镇守的半月形阵地。桂小五郎一声令下，长州藩兵早就架设的数十发大炮猛地开火，第一轮炮弹就击中幕军纵列顶部的一个武士队，这是幕府亲兵的指挥官的亲兵队，随即又是雨点般的火枪枪击，幕府亲军顿时大乱。
等小粟忠顺好不容易稳住败势，组织幕府亲兵还击，他亲自率领上千亲军队，手持武士刀向幕府军守卫的半月形阵地进行了白刃冲锋，但这些幕府武士虽然精于刀剑，又怎是火器的对手，只冲锋两个回合，便折算数百人，剩余地一下便被枪弹击退。而这时，天色暗了下来，高杉晋作亲自率领“奇兵队”犹如狮群下山，也是手持武士刀冲向幕府亲兵大营进行了白刃战，久经操练的“奇兵队”队员本就是身强力壮的长州藩武士，势不可挡，幕府军无法抵御“奇兵队”的夜袭，而后，其余的长州藩兵一拥而上，将幕府亲兵击溃，幕府亲兵在小粟忠顺的带领下，连夜逃往淀城。
而另一条战线，鸟羽以东不远的伏见，这座京都南边十余里的小镇的东南边一处叫奉行所的堡垒处，幕府一方的会津藩兵和桑名藩兵，也在桑名藩主的率领下，向驻守在这里的四国藩兵和其他倒幕藩兵发起了进攻。四国藩与其他倒幕藩兵也都是刀剑甲胄和弓箭等冷兵器为主，于是乎，双方进行了殊死战斗，死伤惨重。
幕府的会津藩和桑名藩联军多次冲击奉行所，并花费巨大的代价一度占领奉行所和堡垒所在的桃山，但均被四国藩及其他倒幕藩兵击退。双方在桃山山坡上进行了惨烈的白刃战，夜幕中数千人死伤，双方一直战斗到深夜，还胜负难分。
正在这时，伏见那边战事的消息传来，说是幕府亲兵和先锋主将小粟忠顺都被击败，退守淀城，顿时，得知消息的幕府联军一下便丧失了战意，顾不得抵抗，兵败如山倒，连忙也跟着退往淀城。
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