而除了这些军队方面的高层外，另外还有李敬业、程怀亮这些和李愔一起长大的兄弟，他们现在都属于军队中的中层，有他们在，李愔就不用担心军队出问题。更何况台湾的军校之中，每年都有一批又一批的海陆学员毕业，一直受到忠君爱国思想教育的学校学员们，都将进入军队成为基层军官，这也是李愔取得军队忠心的最大保证。
在将中央的行政机构搭建起来后，地方的行政机构也随之发生了变化，因为李愔的地盘早已经不再局限于一地，因此李愔将全国分为十二个州，其中有最早的三韩州、倭州、和台湾，另外林邑和吕宋也独立成州，值得一提是，吕宋州不仅仅包括吕宋岛，还将东南方向的一系列岛屿全都包括在内，面积和后世的菲律宾差不多。
除上了面的五个州外，南洋一共分为四州，其中马六甲北岸的马来州以狮城为首府，南岸的金洲也被划为一州，另外还有爪哇和婆罗洲。其中婆罗州的面积最大，不但包括婆罗洲这个大岛，而且还将东侧的苏拉威西岛也包括在内。
另外还有天竺旁边的锡兰岛，同样也独立划为锡兰州。而已经在开发之中的澳洲，虽然面积广阔，但因为开发程度不高，人口也相对较少，因此被整个划为澳州。值得一提的是，澳洲北方还有一个大岛，后世被称为新几内亚岛，不过因为岛的形状像只乌龟，因此被命名为龟岛，这座巨大的龟岛同样也被划为澳洲之中。
除了上面的十一个州外，最后一个就是夏威夷了，同时也是距离台湾最远的一个州，随着蒸汽船的推广，从台湾到达美洲已经不需要再绕到倭国去，而是可以直接从台湾出发，然后经过几个几个港口后到达夏威夷，在这里最后补充一下煤和淡水后，就可以直接到达美洲，所以地理位置十分重要。
也正是夏威夷重要的地理位置，所以李愔将其单独列为一州，至于美洲那里，因为暂时只有几座临海的港口和据点，再加上距离太过遥远，所以暂时没有在美洲设立州府。
州是齐国的二级行政单位，最高长官为刺史，州中的行政机构也和中央差不多，不过都是中央机构的下属机构，而且刺史的权力也被大大的削弱，同时各州的驻军与行政分开，严禁两者相互干涉。
州下面就是县了，不过齐国的县与大唐的县不同，大唐的县是最低的行政单位，县中除了县令、县丞和主薄外，就再也没有官员了，剩下的全都是县衙招募的小吏。
但是大齐的县却完全不同，县中的机构同样是仿照中央，除了县令之外，其它则是各部的分支机构，名义上虽然归县令管理，但却也有相当的自主权，而且官与吏之间的界限已经十分模糊，县令也是从小吏中提拔出来的，甚至可以说，只要是县衙中的人，都可以称为官。
而且县并不是大齐的最低行政机构，在县之下，李愔还设立了乡一级，将数个甚至是十几个村庄设为一乡，以此来加强统治。
上面所说的都是行政机构，而在行政机构之外，李愔还设立一套独立的司法机构，这些机构包括警察院、督察院和法院，这三院的最高长官与各部部长同级，而且不受任何行政官员的管理，哪怕是首相也无权插手司法的执行过程，甚至还要受到督察院的监督，若是首相被发现渎职、贪污等罪行时，依然会被督察院向法院提出起诉。
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